Din cauza îndelungii izolări atît externe cît și interne (caracterul de arhipelag, numeroasele zone muntoase) limba japoneză are mai multe zeci de dialecte. Acestea diferă de obicei prin: accentul muzical, modul de inflexionare, vocabular, particule, și pronunție. Mai rar, unele dialecte pot diferi și prin inventarul de vocale și consoane.
Regiuni aflate la distanțe mari pot avea dialecte care nu sînt inteligibile vorbitorilor japonezei standard, cum este cazul dialectelor Tsushima-ben și Tōhoku-ben (“-ben” înseamnă dialect regional). Dialectul vorbit în Kagoshima din sudul insulei Kyūshū este cunoscut ca fiind neinteligibil chiar și pentru locuitorii altor regiuni învecinate de pe aceeași insulă. Tehnic vorbind, dialectul Kagoshima se suprapune doar 84% cu dialectul standard. Pentru comparație, vocabularul limbii române se suprapune în proporție de peste 70% cu celelalte limbi romanice.
Deși frecvent se afirmă că limbile ryukyuane vorbite în insulele prefecturii Okinawa ar fi dialecte ale limbii japoneze, măsura în care acestea sînt neinteligibile pentru vorbitorii de japoneză standard face mulți lingviști să concludă ca limbile ryukyuane sînt limbi aparte, dar din aceeași familie a limbilor japonice cu limba japoneză.
Un studiu recent sugerează că toate dialectele limbii japoneze s-ar trage dintr-o limbă fondatoare comună vorbită de cultivatorii de orez care au venit pe arhipelagul nipon acum cca 2.200 de ani de pe peninsula coreeană, și nu dintr-o limbă a vînătorilor-culegătorilor care au populat arhipelagul acum cca 30.000 de ani.
